冷却と静音のバランスと言うことがよく言われています。
しかし、私はさらに、パソコンを汚さないということも踏まえて書いていきたいと思います。

まず、冷却となればとにかく大きなファンを高回転で回すということになりがちですが、もう少し細かく考えていきましょう。
冷やしたい物の温度から。
パソコンパーツの中で、一番低い温度にしたいのはハードディスクでしょう。
自作パソコンであれば、40度c未満にしたいと私は思います。
ほとんどのシンプルなPCケースが、フロントファンの後ろにハードディスクを設置している事から見ても明らかです。
ハードディスクを冷却した空気の温度なら、まだほとんど温度上昇は無く、その他のパーツを冷却するには十分といえます。
その風に手をかざしても暖かいとはいえない程度です。
「それでは冷えてないじゃないのか？」と言う意見もありそうなので、
以前の出来事です・・・・暖房全開で風邪にウナされる夜、私の寝床用パソコンのフロントファンが止まってしまった時のこと。
朝、コアテンプにて61度cを見た私は飛び起きました。
サイドパネルを開けると、自分のコネクター挿し忘れだと瞬時に解り、あわてて挿しました。
そこから30分、ジリジリと温度は下がり37度位で落ち着いたのです。（風邪引いても検証やってます）
この時、私もはっきり解ったのですが、この程度で冷えているんです。
で、その後に、マザーボードがあり、メモリー、チップセット、CPU、グラフィックボードなどがマウントされているのです。。
冷却・静音を考えると、フロントファンのすぐ後にハードディスクが在り、次にマザーボードが来るのはレイアウトとして変えられないと思われます。
それでは、個人的にどんな努力する道があるのでしょうか。
まず、冷やしたい物の冷却面積を増やすことです。
冷やしたい物がサイコロの大きさだったら、小さなファンを高回転で回すしかありませんが、掌位なら12ｃｍファンをゆっくり回せばよく冷えます。
ＣＰＵクーラーなどに見られるように、ＣＰＵの実際の冷却面積は４０ｘ４０ミリぐらいしかありませんが、ヒートシンク(冷却面積）をプラスすることで、大きなファンを低回転で回して静音化しているのです。
で、
私のちょっとウルサイ“埃”についてです。
同じ体積の空気を動かすことを考えてみてください。
大きなファンをゆっくり回したときと、小さなファンを高回転で回したときの空気の入り口を想定してみてください。
小さなファンを高回転で回している方は、掃除機の吸入口のイメージに近くないですか?
そうです。
空気の流速が速いので、埃を積極的に吸い込むんです。
マザーボードに、付属でチップセットの冷却用の40ミリファンが付いてきたりしますが、その吹き出した先は非常に汚れます。
ＰＣケース内の全ての埃を掃除して、そこに吹き付けているので、ファン自身も汚れやすく当然、冷却もドンドン悪くなっていきます。
私はこのような場合、ヒートシンクをプラスしたりして温度上昇を回避しています。
最近の主流は、小さくとも120ミリファンでまとめようとしてるようです。
120ミリファンが1000ｒｐｍ位で回っている状態は、ほとんどの人がウルサイと感じないようです。
まだまだ書きたいことが有りますが、ここはこの辺で「私のＰＣケース」を見てください。